41410 Multispektralt analysesystem

Vår seksjonavdeling (Seksjon for kreftforebygging ved Institutt for kreftforskning på Radiumhospitalet, Oslo universitetssykehus) driver utstrakt forskning på biologisk og klinisk relevante biomarkører i formalinfiksert og parafin-innstøpt tumorvev (in situ) fra kreftpasienter. i tett samarbeid med klinikk og patologi forsker vi på tarmkreft, testikkelkreft, nervecellekreft, såvel som prostata- og ovariekreft. Analyse av biomarkører in situ gjøres idag i all hovedsak visuelt (en biomarkør per vevsnitt), og er en arbeidskrevende og semikvantitativ analysemetode. For å oppskalere og utvide denne forskningsvirksomheten trenger vi nye, godt validerte verktøy som kan gjøre automatisk og kvantitativ bildeanalyse av farging fra opptil flere biomarører på samme snitt in situ. Spesifikt trenger vi et multispektralt analysesystem som kan gjøre automatisk bildeanalyse (morfologisk segmentering og subcellulær segmentering) av både kromogen farging (brightfield) og fluorescens-farging. Et slikt multispektralt system må ha mulighet til å pålitelig og kvantitativt måle farging fra ulike signalmolekyler (kromogent- eller fluorescensmerkede biomarkører, som for eksempel protein, dna, rna, eller microRNA). Det er i den sammenheng spesielt viktig at et slikt system har mulighet til å fullstendig fjerne autofluorescens fordi det er en avgjørende utfordring og feilkilde for korrekt analyse av fluorescens in situ. Viktigste egenskaper er -Automatisk segmentering av vevsmorfologi basert på patenterte maskinlæringsalgoritmer (inFormTM Advanced Image Analysis Software). -Multispektralt system (ikke rgb basert). pe er eneste produsent av kommersielt tilgjengelige LCTFs (Liquid crystal tunable filter) som gjør multispektral analyse og fjerning av autofluorescens mulig. -Kan fjerne autofluorescens i formalinfikserte og parafin-innstøpte tumorvev. -Kan analysere både kromogen- og fluorescensbasert farging. -Kan automatisk skille signaler fra opptil 8 ulike biomarkører per vevssnitt basert på spesifikke signalbibiliotek (spectral unmixing ved hjelp av PEs patenterte Compute Pure Spectrum algoritme). -Flere ganger så raskt som nåværende analysemetode -Klart for bruk, med et relativt enkelt brukergrensesnitt og med en lav brukerterskel. -Spesialutviklet for analyse av vevmikromatriser (Tissue microarrays, TMAs), men også godt egnet for analyse av helsnitt. -Kommersielt (gode service- og garantiordninger) -Uavhengig validert system basert på peer-review publikasjoner (Huang et al 2013, Fiore et al 2012)