Biosensorinstrument

Universitetet i Oslo, Avdeling for Medisinsk Biokjemi, vil anskaffe et chip-basert biosensorinstrument for analyse av molekylære interaksjoner (både bindingskinetikk og bindingsaffinitet), molekyldynamikk og konformasjonsanalyse ved hjelp av ‘electrodynamic switching’ med fluorescensmerkede molekyler som prinsipp for deteksjon. Vi forsker blant annet på protein-nukleinsyreinteraksjoner, og mulighet for å analysere og kontrollere konformasjonsendringer og dynamikk for in situ hybridisering av nukleinsyresubstrater er en nøkkelfunksjon som utstyret må tilfredsstille. Instrumentet skal brukes til å studere binding til både enkelt- og dobbel-trådet dna, rna og dna-rna hybrider med ulike sekundærstrukturer. Mulighet for å kontrollere, verifisere og foreta real-time målinger på ulike nukleinsyrefolder er en nøkkelfunksjon som utstyret må tilfredsstille. Utstyret på også kunne brukes til å måle bindingskinetikk og affinitet for protein-proteininteraksjoner.
Spesifikasjoner
følgende krav mÅ oppfylles:
• Systemet må kunne måle real-time nukleinsyrefolding/konformasjonsendringer både ved endring av betingelser (pH, salt/ionekonsentrasjon, ulike buffere, additiver m. m.) og ved interaksjon med dna-modifiserende proteiner
• Systemet må kunne måle dynamiske endringer i folding og konformasjon av nukleinsyrer (både enkelt- og dobbelt-tråd) og proteiner, konformasjonsendringer som påvirker DeltaH (relativ endring i hydrodynamisk diameter) tilsvarende en oppløsning på minst 1 nm
• Systemet må kunne generere følgende real-time data for molekylære interaksjoner for protein-nukleinsyre og protein-protein komplekser: bindingskinetikk (kon, koff, kd), bindingsaffinitet (kd), med en sensitivitet tilsvarende minst kd < 1 pM
• Systemet må kunne måle kompleksdannelse og nukleinsyrefolding ved hjelp av fret som deteksjonsmetode
• Systemet må kunne detektere simultan binding av protein til minst to ulike reseptorer (protein eller nukleinsyrer) og bestemme kinetikk og likevektsparametre (kon, koff, kd) for begge reaksjoner
• Systemet må kunne detektere binding for bispesifikke proteiner som binder samtidig til to ulike reseptorer
• Systemet må kunne generere smeltepunktsbestemmelse Tm og termodynamiske parametre som DeltaG, DeltaH og DeltaS for binding.
• Systemet må kunne håndtere og analysere inntil 384 ulike prøver i automatisk modus, både mht analyse av kinetikk, affinitet og folding, og systemet må kunne håndtere automatisk regenerering av substrat ved regulære intervaller i automatisk modus