Sekvenseringsanalyse

Vi vil sekvensere epigenetiske dna-markører 5-metylcytosin (5mC) og 5-hydroxymetylcytosin (5hmC), hmst-sekvensering. Dette gjøres etter en tidligere publisert protokoll [1] ved at dna kuttes med restriksjonsenzym som gjenkjenner: 1) umodifisert cytosin (HspII) 2) umodifisert cytosin, 5mC, 5hmC (MspI). dna fragmenter sekvenseres og lagres i et henholdsvis «c» og «c+mC+hmC» bibliotek. Et tredje «c+mC» bibliotek lages ved at 5hmC glukosyleres før kutting med MspI (blokkerer 5hmC kutting).
[1] Gao, Fei et al. “Integrated Detection of Both 5-mC and 5-hmC by High-Throughput Tag Sequencing Technology Highlights Methylation Reprogramming of Bivalent Genes during Cellular Differentiation.” Epigenetics 8. 4 (2013): 421–430. pmc. Web. 8 Mar. 2017.