18/00338 DNA sekvenseringsmaskin til bruk på laboratoriet ved Forskningsstasjon Flødevigen. - Med delkontrakter

Nærmere krav som stilles til dna sekvenseringsmaskin:
- Den må kunne gjennomføre sekvensering av dna biblioteket lokalt. Denne type arbeid er tidligere gjort hos eksterne aktører. i løpet av 2017 er det satt opp en protokoll for preparering av ddRAD biblioteker på molekylærlaboratoriet ved Forskningsstasjonen Flødevigen. Innkjøp av sekvenseringsmaskin er i først omgang ment å benyttes for sekvensering av disse.
- Den etablerte ddRAD protokollen må være optimalisert for adaptersekvenser fra leverandør.
- Det er viktig at sekvenseringssystemet er kompatibelt med den allerede optimaliserte ddRAD protokollen som benyttes.
- Error rate må være lav og bør ligge på rundt 0. 1% for 70% av basene, og dette må være godt dokumentert av uavhengig part.
Havforskningsinstituttet vil sette opp en protokoll for genotyping ved sekvensering (gt seq) for mer kostnadseffektivt å kunne genotype et stort antall individer. Protokollen er optimalisert for sekvensering fra Illumina sekvenseringsmaskin
Havforskningsinstituttets markedskunnskap tilsier at det kun er dna sekvenseringsmaskin fra Illumina som er kompatibelt med allerede optimalisert protokoll. Illumina sitt sekvenseringssystem er tidligere benyttet ved kjøp av sekvenseringstjenester hos kommersielle leverandører. For å sikre dataleveranser som gir komparative resultater/data med det som er gjort i tidligere prosjekt, samt å gjennomføre prosjekt på en forsvarlig måte er protokoll optimalisert for Illumina sekvensering.
Illuminas sekvenseringssystem benyttes hos samarbeidspartnere i pågående prosjektet der det er nødvendig å levere direkte kompatible data. Dette anses som svært sentralt for Havforskningsinstituttet. Illuminas sekvenseringssystem benyttes også i stor skala hos internasjonale kommersielle aktører, som muliggjør gjennomføring av større prosjekter i samarbeid med disse, til oppgaver som vi ikke kjenner til at andre sekvenseringssystem har kapasitet til.
Havforskningsinstituttet har derfor som hensikt å gå til innkjøp av dna sekvenseringsmaskin fra Illumina til bruk på vårt laboratoriet.