75479 US KLM avd for medisinsk genetikk DNA sekvensator - Med delkontrakter

Avdeling for medisinsk genetikk, ous, skal anskaffe sekvensator til high throughput sequencing (hts)/next generation sequencing, velegnet for storskala eksom- og genomsekvensering. Som back-up ved nedetid har avdelingen HiSeq4000og HiSeq3000 som kan benyttes.
Laboratoriet vil ha behov for både eksom- og genomsekvensering til ulike problemstillinger. For å holde nede svartiden er det viktig at disse kan kjøres på samme flowcelle. Avdelingen har behov for svært stor kapasitet, da prøver til mange ulike formål skal sekvenseres og analyseres. Svartid og analysetid er viktig at holdes nede. Kravet belyser imidlertid behov for fleksibilitet ift. Om analysetid eller kapasitet skal prioriteres, da det noen ganger vil være hasteprøver som må gjennom. Disse vil ha en akseptabel analysetid på 30 timer. Instrumentet må kunne håndtere ulike protokoller for å dekke de ulike formålene som prøvene sekvenseres for. pcr-fri prøvepreparering vil være raskere (med flere fordeler), mens andre protokoller som det er behov for kun finnes (info fjernet) er svært viktig at prøveprepareringen er automatisert og rask. Det er flere årsaker til dette: Mindre arbeidstid går med, mindre fare for pipetteringsfeil og prøveforbytting, samt standardisert prøveflyt og protokoll. Avdelingen har Hamilton MicroStar- pipetteringsroboter til dette formålet, og det må derfor finnes ferdig validerte prøvepreparingsprotokoller for Hamilton MicroStar til eksom- og genomsekvensering. Helst må andre protokoller også være tilpasset Hamilton MicroStar. Ulike protokoller kan være optimale med ulike leselengder. For en god del analyser vil lengre fragmenter som 250 bp være en fordel, da dette f. Eks. Kan gjøre at vi kan se lengre haplotyper, har høyere sensitivitet mht. Strukturell variasjon, samt gi en fordel for å kunne skille pseudogener fra reelle gener. Avdelingen tilbyr også som service 16S metagenomic sekvensering, og benytter for dette en prosedyre med 250 bp reads ((info fjernet)). Instrumentet må være fleksibelt til også å ha protokoller for kortere leselengder, da dette vil være fordelaktig mht. Kostander, og at det for noen protokoller ikke vil være nødvendig med 250 bp leselengder. fastq, bam og vcf er standard formater for de programvarene avdelingen benytter til analyse og tolkning av sekvenseringsdata. Det er behov for < 48 timers responstid fra ous kontakter leverandør til service-tekniker er på plass. Dette er svært viktig for å opprettholde leveringsfrister, og således må nedetid (info fjernet) legges til grunn at Illumina er den eneste leverandøren som av tekniske grunner kan levere iht. Kravene. Intensjonskunngjøringen er hjemlet i tråd med forskrift om offentlig anskaffelse § 21-5. Vilkårene i foa § 13-4 (2) og 13-1 (5) anses oppfylt samt verdien av full serviceavtale og avtale for forbruksvarer for utstyrets levetid.( levetid er anslått til 5 år)