Sekvenseringsplattform - Med delkontrakter

Ntnu skal anskaffe en, neste generasjon sekvenseringsplattform (ngs) som gjør at vi kan utføre kvalitetskontroll og screening på Illumina-kompatible genomiske dna-biblioteker, som vi for tiden produserer ved ntnu Vitenskapsmuseets molekylærgenetiske laboratorie. Vi er ute etter et system som kan vise bibliotekenes kvalitet og endogene innhold. Til dette formålet er det behov for et system som kan produsere «små» datamengder (for eksempel 1 til 8Gb). Slik småskala-sekvensering er stadig viktigere for å redusere dataavfall i paleo-genomics-studier. Vi trenger et system som har «Single-pass sequencing error rate» på maksimum 0. 1% fordi vi genererer data med lav dybdegenomsekvens for populasjonsgenomikk, og har ikke behov for å generere store mengder data som kreves for å sikre at genotyper er rett bestemt. Ved bruk av denne typen utstyr vil vi raskt og rimelig kunne screene dna-biblioteker for å identifisere prøver med høyt endogent dna-innhold, som senere skal sekvenseres i større skala ved ntnu Genomics Core Facility (gcf). For at prøver skal kunne sekvenseres i større skala ved ntnu gcf, er vi avhengig av at bibliotekene er laget for å kunne sekvenseres på samme plattform (i dette tilfelle Illumina). gcf har per i dag flere «store» instrumenter for «ultra-high-throughput» ngs analyse (for eksempel Illumina HiSeq4000 og Illumina NextSeq500 som vil være aktuell å bruke for oss). Illumina er for tiden den ubestridte globale markedsstandarden innen ngs dataproduksjon.